祈りのカルテ　研修医の謎解き診察記録

純正医科大学附属病院の研修医･諏訪野良太 (玉森裕太)。研修医たちは、2年間の初期研修で、様々な科を回り、将来進む道を決める。諏訪野の新たな研修先は、精神科。「精神科の診察は患者さんの話を聞くことから始まる」という指導医の立石聡美 (松雪泰子) から、任された担当患者は山野瑠香 (仁村紗和)。瑠香は、2年間毎月、睡眠薬を過量摂取して入院を繰り返していた。諏訪野は瑠香のカルテから、彼女の行動の秘密を見破る。

諏訪野 (玉森裕太) は新たな研修先の外科で、指導医·冴木 (椎名桔平) のペースについていけずに毎日ぐったり。そんな中、初期の胃がんと診断された患者･近藤玄三 (伊武雅刀) が「これは癌じゃない」と突然手術を拒否して医局は混乱! このまま癌を放っておいたら2、3年で亡くなる可能性が高いというのに、手術を強制することもできず、諏訪野は複雑な心境に…。手術を拒否する近藤の秘密をカルテから見破っていく!

元ヤンと噂の指導医・木佐貫英子(斉藤由貴)の元、産婦人科で研修を受ける諏訪野(玉森裕太)。そこへ切迫早産の患者・小野文香(矢田亜希子)が運ばれてくる。病院に駆け付けたのは、離婚した元夫と新恋人!2人ともおなかの子の父親は自分だと主張する。肝心の文香は何も答えず検査も拒否!さらには退院させてくれないなら帝王切開をしてほしいとムチャな要求まで!彼女が守ろうとしているもの…カルテに隠された真実とは!?

諏訪野(玉森裕太)と裕也(矢本悠馬)は他の科で診断がつかなかった患者を専門に診る総合診療科で研修中。指導医はシャーロック・ホームズを愛してやまないちょっと変わった榊健太郎(小手伸也)。そこへ病名が“謎”の患者・工藤香織(堀田真由)が。会社の同期に薬を盛られたと証言!香織の思い込みか、それとも…。異常がないのになぜ発作は起こったのか!?“犯人”は一体!?迷宮入り寸前の謎に諏訪野が挑む――!!

循環器内科で研修している諏訪野(玉森裕太)とみどり(池田エライザ)。指導医の上林晃太郎(高橋努)に連れられVIPばかりが入院する特別病棟の最上階へ。今回の担当患者は、お騒がせ女優・愛原絵理(成海璃子)!絵理が心臓の難病を患って入院していることは口外厳禁…のはずが、週刊誌にバレて大騒動!リークしたのは誰なのか?絵理の抱える“秘密”とは!?研修医一年目、最後の研修で諏訪野に最大の試練が巻き起こる!

諏訪野(玉森裕太)と谷川(YU)の研修先・小児科にやってきたのはぜんそく患児・姫井姫子(金子莉彩)。「この病院、怖い。魔女がいるから」と謎の発言をし、病室から何度も姿を消す!3年前にも小児科で相次いで患者が姿を消したという都市伝説が。無表情で気配がなくとにかく不気味な指導医・志村雄一(勝村政信)が患者を洗脳していたという噂も!?姫子が病室から何度も消える本当のワケとは!?カルテが導く答えとは…!

救命救急科で研修を受ける諏訪野(玉森裕太)と牧村(濱津隆之)は、指導医・柚木慧(観月ありさ)の下、急患の対応に追われる。その中の一人、患者・秋田竜也(やべきょうすけ)は自ら救急要請して搬送。突然けいれんを起こしたり、気を失ったり、原因不明の意識障害を繰り返す!それには何やら目的があるようで…。そんな中、裕也(矢本悠馬)の誕生日パーティーで怪事件発生!?そして諏訪野に関する重大な事実も明らかに―!!

諏訪野(玉森裕太)と橘(堀未央奈)の研修先は皮膚科。指導医の桃井佐恵子(りょう)はおっとりと優雅な立ち振る舞いで身だしなみに厳しい。そんな皮膚科に運ばれてきた患者・守屋春香(山崎紘菜)。右足に大やけどを負った春香は、調理中に誤って揚げ油をこぼしたと説明するが…同じくして街では連続放火事件が発生!犯人の特徴が春香に酷似!諏訪野は担当患者を信じ切れるのか!?そして広瀬(原田泰造)に衝撃的な出来事が!

諏訪野(玉森裕太)の研修先は腎臓内科。指導医の大賀寛太(片桐仁)と担当患者・桐生鈴音(植原星空)の元へ。彼女は腎臓移植を控えており、移植後にホテル御曹司と結婚を予定。しかし移植手術が決まるたびに謎の異常で延期に!?一方、末期がんが判明した広瀬(原田泰造)に、同期の冴木(椎名桔平)と立石(松雪泰子)は―。そして諏訪野にも大きな決断の時がやってくる!親子である諏訪野と広瀬の関係はどうなっていくのか―。

ついに最終回!諏訪野(玉森裕太)最後の研修先は緩和ケア科。指導医の窪啓太郎(髙嶋政宏)から末期ガンで死期が迫る広瀬(原田泰造)の主治医に任命される。さらに突然現れた刑事の桜井(山崎一)から広瀬が実の父親だと知らされる諏訪野!明らかになる親子の過去…近づいてくる父との別れ…。医者として、息子として、諏訪野にできることは―。そして研修医たちが進む進路は!?2年間の集大成、最後の研修が始まる―!!